近年来马业正面临一些可能与营养相关的新型的挑战。现在马匹被要求在更年轻的阶段就开始比赛，而且可用的基因也有限，所以问题就产生了。一个主要的问题是青年马在训练中的疾病和消耗，特别是越来越多的青年赛马的体力衰竭。每匹马起跑次数减少，同时要求赛马的动作标准，这都迫使马业更加细心研究马匹的营养需要以及营养对运动性能的影响。美国的NRC建议马营养需要是基于基本维持需要，对出色性能的马匹的建议差异很大。结果马业不得不回归基础，了解生理学、微生物学和营养学的互作关系，以及如何减少这些问题对马匹性能的潜在威胁。
免疫性状
给一匹小马驹有一个健康的开始，可以帮助青年动物对抗环境挑战和最终发育成出色的运动马。所有这些从母马开始，需要一个正常发挥作用的免疫系统。一个健康的母马产生的免疫球蛋白，或抗体，能传递给发育中的马驹。所以马驹具备高度发育的防御系统，使动物能耐受严格的训练，同时保护动物不受病原微生物的侵袭。使用天然和先进的技术 - 例如来自酵母的糖类 - 已经证实可以提高母马免疫球蛋白的生产，而免疫球蛋白可以传递给马驹，减少动物体内的病原微生物数目。
健康饲喂
使用活酵母培养物和天然益生菌已经成为饲喂运动马和役用马的主流做法。这些天然添加剂可以帮助维护动物小肠和盲肠内适宜的微生物平衡，以及帮助旁路养分在肠道内的充分消化。研究显示特定的酵母菌株可以稳定后段肠道的pH，以减少绞痛和其它消化性不适症状，以及减少高精料饲喂造成的蹄叶炎的发生几率。
正确的矿物元素营养
微量元素是指象锌、铜和铁这样，动物只需要很少的量，但是对动物正常代谢所必需的元素。由于草料和谷物中微量元素的含量不足，马日粮中通常添加微量元素。传统的微量元素添加方式是提供无机形式的矿物元素。然而，草料中存在的天然形式的矿物元素是有机形式的。研究显示有机矿物元素能更好地被马吸收，所以对青年和成年马的生物学利用率更高，保证充足的矿物元素供应以满动物健康生长和发育的需要。
呼吸道健康问题
即使是在理想的饲养条件下，由于日粮中蛋白质过量导致粪便中产生的氨气如果被动物吸入，仍能导致呼吸道疾病，或“马厩”肺(‘barn-soured’ lungs)。研究证明，生长在沙漠中的丝兰植物的提取物能减少动物排泄物产生的氨气的量，降低这些有毒气体对肺的损伤。这种提取物能以粉状的形式加入饲料中，也能喷洒到垫料中，以天然的方式以减少氨气和其它有害气体的产生。由于不同的丝兰提取物会有差异，必须要选择一个能对每一批次产品的氨气结合能力进行质量控制供应商。
霉菌毒素
处理饲料源霉菌毒素，运动马对来自污染浓缩饲料、干草和垫料的粉尘中的霉菌毒素也很易感。镰刀菌属的单端胞霉烯毒素如呕吐毒素(DON)、T-2毒素和蛇形菌毒素(DAS)对于呼吸道疾病是最重要的毒素。这些霉菌毒素引起上皮组织如呼吸和消化道出血。肺活量下降、肺水肿、肺出血以及耐受力下降是常见症状。这些成分还能增加消化道溃疡和出血的频率和严重程度。