饲料原料的质量是由原料中包含的养分的多少，以及养分被消化、释放并被机体吸收和利用效率决定的。养分的平衡很重要，因为缺乏或毒性水平都能引起疾病或生长异常，例如肥胖。 同样养分以适宜的形式存在也是必要的，从而机体可以更有效地降解和利用它们。存在下面这些特定问题：
硒缺乏
硒是组成机体抗氧化防御系统的一种必需微量元素，动物正常生长和繁殖都需要硒。世界最肥沃的的农业地区中的一大部分生产的牧草和谷物中所含天然形式的硒的水平很低。直到最近，还只有无机形式的硒源被广泛添加到家禽日粮中。无机形式的硒在机体内的存留率很低，只有很少被传递给后代。 最近的研究清楚地显示，硒应该以在自然中存在的形式-即有机的形式-添加。
霉菌毒素污染
隐藏的杀手、无形的威胁、不可避免的污染、天然毒素 - 所有这些词语都被用来描述一组称为“霉菌毒素”的真菌毒素。因为它们对人类（致癌）和动物的生产和繁殖性能的危害，人们对这些天然产生的化学成分产生了浓厚的兴趣。
谷物、饲料和食品的霉菌毒素污染是全世界的一个主要问题。已知有超过300种确认的霉菌毒素类型可以在哺乳动物和鸟类中导致中毒症状，而这个数字还在不断增加。任何人都不能忽视霉菌毒素的科学数据，因为据估计全世界每年生产的谷物中25%被污染了。
在现代家禽生产中，急性霉菌毒素中毒症爆发的案例很少见。但是，可能没有检测到的低浓度的霉菌毒素是生产效率下降和对感染性疾病易感度升高的罪魁祸首，能够给家禽生产者造成巨大损失。
霉菌毒素污染的鉴定往往更困难，因为症状往往不明确，而且还可能与其它疾病有关。家禽中与霉菌毒素有关的问题如下：
• 产蛋率和孵化率下降
• 血浆蛋白水平下降
• 肝脏和肾脏重量增加
• 肝脏和肾脏损伤
• 增重和饲料采食量下降
• 引起免疫抑制
• 羽毛变化
消化率和降低饲料成本
酶制剂在饲料中应用已经有很多年的历史。使用酶制剂有很多好处，最主要是控制污染。在过去十年里，由于酶制剂能够改善生产性能和降低饲料成本而越来越受欢迎。研究证实，与传统鸡尾酒酶制剂比较，固态发酵技术生产的酶制剂具有优势，可以通过调整日粮配方，在降低配方成本的同时维持动物的生产性能，或者通过在日粮中直接添加提高动物的生产性能。简单地说，酶制剂可以为生产者节省成本。